Κέντρο Πληροφορικής και Επικοινωνιών

Το Κέντρο Πληροφορικής & Επικοινωνιών του ΙΕΧΜΗ παρέχει ένα ευρύ φάσμα εγκαταστάσεων και υπηρεσιών πληροφορικής σε ένα υπερσύγχρονο περιβάλλον δικτύωσης για την υποστήριξη όλου του προσωπικού του Ινστιτούτου στην έρευνα, στην κατάρτιση και στη διοίκηση.

Αποστολή

Να διευκολύνει τη χρήση της τελευταίας τεχνολογίας πληροφορικής και επικοινωνιών στην έρευνα, στη μάθηση και στη διοίκηση του Ινστιτούτου.
Να παρέχει ένα αποτελεσματικό και αξιόπιστο περιβάλλον δικτύωσης που διευκολύνει την πρόσβαση και την ανταλλαγή πληροφοριών.
Να ενσωματώσει καινοτομία στη μεταφορά τεχνολογίας για να βοηθήσει το Ινστιτούτο στην αποστολή του.
Να δώσει τη δυνατότητα στο προσωπικό να χρησιμοποιεί αποτελεσματικά και αποδοτικά τους υπολογιστικούς και δικτυακούς πόρους του ΙΕΧΜΗ.

Υπολογιστικές Εργασίες Υψηλής Απόδοσης @ ΙΤΕ/ΙΕΧΜΗ

Η προσομοίωση υλικών και διεργασιών με υπολογιστή αποτελεί έναν από τους πλέον ενεργούς ερευνητικούς τομείς στο ΙΤΕ/ΙΕΧΜΗ. Αναπτύσσονται νέες στρατηγικές και αποτελεσματικές τεχνικές μοντελοποίησης και εκτελούνται αριθμητικοί υπολογισμοί μεγάλης κλίμακας για την υποστήριξη και τη συμπλήρωση των πειραματικών δραστηριοτήτων του Ινστιτούτου. Οι προσπάθειες μοντελοποίησης επεκτείνονται σε όλους τους τομείς δραστηριοτήτων του Ινστιτούτου και παρέχουν κρίσιμα δεδομένα για την κατανόηση των πραγματικών μηχανισμών και φαινομένων που υπεισέρχονται στις διάφορες διεργασίες. Το ΙΤΕ/ΙΕΧΜΗ έχει δημιουργήσει ένα Συγκρότημα Υπολογιστών υψηλής απόδοσης, που περιλαμβάνει έναν μεγάλο αριθμό ισχυρών πολυπύρηνων κόμβων, σημαντική χωρητικότητα μνήμης για κάθε κόμβο, υψηλού εύρους ζώνης διασύνδεση μεταξύ των κόμβων, compilers βελτιστοποίησης και ένα αυξανόμενο σύνολο πακέτων λογισμικού εφαρμογών.

Το Συγκρότημα Υπολογιστών του ΙΕΧΜΗ χρησιμοποιείται σε μεγάλο βαθμό σε διάφορα ερευνητικά πεδία, όπως μελέτες για την ποιότητα του αέρα και την κλιματική αλλαγή, την επιστήμη και τη μηχανική των υλικών, τη χημεία, τη φυσική στοιχειωδών σωματιδίων και τις επιστήμες ζωής (π.χ. συστημική βιολογία, διασύνδεση και συσσωμάτωση πρωτεϊνών, υπερμοριακά συστήματα).

Το Συγκρότημα Υπολογιστών του ΙΕΧΜΗ έχει 31 υπολογιστικούς κόμβους. Κάθε υπολογιστικός κόμβος διαθέτει δύο επεξεργαστές Intel Xeon δύο, τεσσάρων ή έξι πυρήνων (5160, X5365/X5560 και E5645 αντίστοιχα) και 2 GB RAM ανά πυρήνα. Αυτό έχει ως αποτέλεσμα συνολικά 332 πυρήνες και 334 GB μνήμης RAM διαθέσιμα για υπολογιστιστικές εργασίες.

Κάθε κόμβος παρέχει επίσης τουλάχιστον 500 GB τοπικής προσωρινής αποθήκευσης σε έναν άμεσα συνδεδεμένο σκληρό δίσκο. Επιπλέον, ο χώρος αποθήκευσης δίσκου υπερβαίνει τα 20 TB, παρέχοντας ταυτόχρονα υψηλή απόδοση όσο και αποθήκευση αρχειακών δεδομένων στο ερευνητικό προσωπικό του ΙΕΧΜΗ. Πρόσθετοι κόμβοι σύνδεσης και ελέγχου είναι διαθέσιμοι για διαχειριστικούς σκοπούς. Οι κόμβοι διασυνδέονται μέσω ενός non-blocking Gigabit Ethernet switch, παρέχοντας υψηλό εύρος ζώνης και μικρή καθυστέρηση μεταφοράς τόσο για υπολογιστικές επικοινωνίες, όσο και για πρόσβαση αποθήκευσης.

Η ανάπτυξη κώδικα υλοποιείται μέσω των γλωσσών προγραμματισμού Fortran, C και C++ από την Intel και GNU Compiler Collection. Οι βιβλιοθήκες MPI που υποστηρίζονται είναι Open-MPI και MPICH2. Επίσης, η ακόλουθη λίστα με επιστημονικά πακέτα λογισμικού, βιβλιοθήκες και άλλα εργαλεία έχουν εγκατασταθεί και λειτουργούν στο Συγκρότημα Υπολογιστών:

Το Συγκρότημα Υπολογιστών του ΙΕΧΜΗ προορίζεται για παράλληλες εργασίες μεσαίου μεγέθους που κλιμακώνονται αρκετά καλά για μεγάλο αριθμό επεξεργαστών, καθώς και για σειριακές εργασίες που έχουν μεγάλες απαιτήσεις μνήμης.

Εσωτερικά Λογισμικά Πακέτα

Εκτός από τα προαναφερθέντα εμπορικά πακέτα λογισμικό, είναι εγκατεστημένα και εκτελούνται πακέτα λογισμικό και βάσεις δεδομένων που έχουν αναπτυχθεί εσωτερικά, από ερευνητές του Ινστιτούτου, στο Συγκρότημα Υπολογιστών, καθώς και σε ισχυρούς σταθμούς εργασίας. Αξιοσημείωτα παραδείγματα είναι:

3D Reconstruction
Code for the 3D reconstruction of porous and, in general, multiphasic materials from Electron Microscopy images
Contact: Dr. V. Burganos

PoreFlow
Code for the computation of flow field in arbitrary geometries including pore structures
Contact: Dr. V. Burganos

PoreDiffusion
Code for the computation of diffusivities and conductivities in pore structures and nanofluids
Contact: Dr. V. Burganos

Μ-IOLITE
Integrated software suite for streamlining quantitative gas chromatography-mass spectrometry (GC-MS) based metabolomics analysis (supported by ELIXIR-GR)
Available for free for academic users upon request at http://miolite2.iceht.forth.gr
Contact: Dr. M.I. Klapa, Metabolic Engineering & Systems Biology Laboratory

PICKLE: Protein InteraCtion KnowLedgebasE
Meta-database of the human and mouse experimentally-determined direct protein-protein interaction (PPI) network, integrated primary PPI databases based on genetic information ontology network (co-developed by U. of Patras and FORTH/ICE-HT; supported by ELIXIR-GR)
Available at http://www.pickle.gr
Contacts: Dr. N. K. Moschonas and Dr. M.I. Klapa

Chain connectivity altering Monte Carlo code
Atomistic Monte Carlo simulation code for predicting the high-temperature phase behavior of oligo- and poly-thiophenes.
Contact: Vlasis G. Mavrantzas

Micelles
Multi-scale particle simulation code incorporating all-atom and coarse-grained Molecular Dynamics tools for predicting micelle formation in aqueous solutions of ionic surfactants.
Contact: Vlasis G. Mavrantzas

Dissipative quantum field theory
Symbolic code for the calculation of multitime correlation functions in dissipative quantum field theory. Contact:
Contact: Vlasis G. Mavrantzas

Free volume calculation
Geometric code using Delaunay tessellation and Monte Carlo integration for computing the free volume and the volume accessible to small penetrants in polymer nanocomposites containing carbon nanotubes.
Contact: Vlasis G. Mavrantzas

Δικτυακές συνδέσεις

Η δικτυακή υποδομή στις εγκαταστάσεις του ΙΕΧΜΗ αποτελείται από ένα δίκτυο κορμού υψηλής ταχύτητας multiGigabit Ethernet με πάνω από 800 σημεία σύνδεσης δικτύου σε multiGigabit Ethernet segments με διακομιστές, τερματικά σημεία (επιτραπέζιοι υπολογιστές, φορητοί υπολογιστές, τηλέφωνα IP, tablet/smartphones), σημεία πρόσβασης WiFi και Virtual Private Network (VPN).

Το δίκτυο συνδέεται στο Διαδίκτυο μέσω ΕΔΕΤ (Ελληνικό Ακαδημαϊκό και Ερευνητικό Δίκτυο) που διαχειρίζεται η GRNET S.A., η οποία παρέχει υψηλής ποιότητας υπηρεσίες εθνικής και διεθνούς διασύνδεσης και χωρητικότητας στην ελληνική ερευνητική, ακαδημαϊκή και εκπαιδευτική κοινότητα, καλύπτοντας τις συνεχώς αυξανόμενες απαιτήσεις για υπηρεσίες υψηλού επιπέδου και διαδικτυακές εφαρμογές.